À la deuxième étape de modernisation du Polygone oriental la société Bamstroymechanizatsiya (qui fait partie du Groupe Natsproektstroy) a déversé plus de 3,3 millions de mètres cubes d'enrochements de refroidissement pour prévenir la dégradation du pergélisol le long des tronçons de la Magistrale Baïkal-Amour. Les enrochements de refroidissement permettent de maintenir la température négative à la base des remblais même lorsque le thermomètre atteint 30°C.
La plupart des tronçons de la Magistrale Baïkal-Amour se situent dans les zones d'extension du pergélisol. Le dégel de ces sols crée des risques d'affaissement des voies ferrées qui mène à la réduction de vitesse des trains et à des réparations permanentes de la voie d'acier. Pour prévenir la dégradation du pergélisol, lors de la construction de la deuxième voie parallèle, on couvre des remblais d'enrochements de refroidissement en blocs de 20 à 50 cm.
La température du sol est surveillée régulièrement par les technologues de la station de surveillance du pergélisol située à Tynda. Des filets thermométriques avec des capteurs de température sont enfoncés dans les puits de 15 mètres. Sur les tronçons de voie ferrée protégés par des enrochements des températures négatives sont fixées même en plein été. Cette structure fonctionne grâce à la convection d'air : en hiver des courants d'air froid pénètrent entre les blocs, tandis que l'air plus tiède et léger s'élève du remblai vers le haut.
En été le système passe automatiquement en mode d'isolation : l'air froid est plus lourd que l'air tiède, c'est pourquoi il est emprisonné entre les couches rocheuses.
Selon les spécialistes qui surveillent le pergélisol, des blocs de roche ensemble avec des fossés d'écoulement et des bermes de refroidissement aident à restaurer le pergélisol. La plate-forme est stabilisée en minimisant les risques d'affaissement des voies ferrées. Donc, des restrictions sont levées, la vitesse et le poids des trains augmentent, la capacité de trafic de la Magistrale Baïkal-Amour augmente aussi.